C盘Program files里面好多文件夹都空了

是把下载的一些软件删除后留下的空文件夹，没事的，可以放心的删除；另外还有一些软件，如flash、photoshop等都会在文件夹下自动生成一个文档文件夹，在你开机后一直不使用的情况下该文件夹里没有任何文件的，当你操作一些软件后该文件夹里的文件会自动生成一些操作软件的记录文件~！

应该不是病毒。
那大概是卸载一些软件后留下的吧（一些软件写在后悔在电脑内留下一些痕迹，比如名为其公司名称的文件夹，若是游戏的话一般会留下存档）。