HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run里没有可以项就一定没有病毒或木马吗?

当然不一定的拉!你这方法是注册表观察法!这类方法一般适用于近来出现的所谓黑客程序，如木马程序，这些病毒一般是通过修改注册表中的启动、加载配置来达到自动启动或加载的，一般是在如下几个地方实现：
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windwos\CurrentVersion\Run]

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windwos\CurrentVersionRunOnce]

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windwos\CurrentVersionRunSevices]

[HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run]

[HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce]

但是并不是每个病毒或者木马都会把自己文件注入注册表里的,有些病毒和木马都只有病毒文件,并不会在注册表里躲藏里的,所以一些病毒只要删除它的文件就可以杀死的!

不一定，一些病毒是有潜伏期的，如果病毒程序未被运行的话，run下也是不会显示的！

判断：
如果对机器比较熟的话，基本上可以看出一些多余的dll、ini、exe，一般常建于每个盘符的子文件下有时为隐藏项。
查看进程，推荐用360安全卫士查看进程，一些危险进程会被显示，用户可以结束进程，再删除对应程序…
大多情况下，进程中的exe程序多为小写，如出现大写状态或同时有一个小写另一个大写的同一程序，那大写的那个多数为病毒程序。