请问有没有在DOS 检查修复NTFS格式的工具

有啊，我用的也是ntfs呵呵。
最好的办法是用win PE，相信使ntfs的你肯定很好上手。

还有就是用第三方软件，推荐你一款我用过中不错的
MaxDOS_5.0E

MAXDOS5.0E说明
本软件的用处.在装好的系统没有DOS的情况下为给装好的WINDOWS 2000/XP/2003装入纯DOS.支持NTFS分区

本软件的特性:

1.支持进入纯DOS时自己设置密码.

2.支持网络克隆自动化,支持单分区和全硬盘自动化克隆.

3.支持系统分区为NTFS分区,支持NTFSGHOST,支持NTFS读写操作.

4.内置GHOST82版.DISKGEN 05版.等一系列工具.

5.支持在DOS直接去掉WIN2K/XP/2K3的用户密码.用于忘记密码时用.支持NTFS