网站模式如何得到法律保护？

您好！
您的问题可归为两方面：一、如何保护自己的网站经营方式；二、如何保护网站版权。
第一个问题，您可以将自己的这一套网站经营方式以商业秘密的方式在委托制作网站的合同中详细列明，以防网站制作方即受委托方擅自加以利用。
第二个问题，亦可以您同网站制作方的委托合同中加以明确约定，如整个网站的版权应归属您，甚至网站的源代码也要交付给您等。按我国著作权法的相关规定，您的网站在制作完成那时起其版权即已产生并已归属您（合同约定），如果您还不放心的话可到相关部门作版权登记。

此外您谈到的网站侵权方式问题，其主要表现为未经权利人的许可而擅自以商业目的加以使用，如复制、发行等，而您所担心的独创的网站经营方式（按我的理解可能是一种全新的网站盈利模式），其本身是不受版权法保护的，如果有可能的话您只能当作商业秘密来保护，出了问题可从反不正当竞争方面来寻求法律救济。
您可参考《中华人民共和国著作权法》（2001年修正版）和《中华人民共和国合同法》

注：在我国法律上“著作权”和“版权”所指的是同一事物。