《新世纪福音战士EVA》剧场版《真心为你》的剧情

上午5时59分，美理终于知道第2次冲击的秘密。
律子对MAGI加上666号防壁，SEELE下令直接强行占据NERV本部设施。上午6时正，5国支部MAGI同时入侵NERV本部，目标在夺取MAGI主系统。
同日，SEELE颁报A-801训令，取消NERV本部所有特权。 战自大队入侵，源渡宣报全员进入第一战斗态势。
第三新东京市遭到N^2爆雷疯狂轰炸，连同天井都市消失。 7时23分23秒，于46通道发现真嗣。美理出发救援。
明日香被运往贰号机，发射上70米深的湖底。 成功救回真嗣，并带真嗣往初号机而去。
明日香觉醒，向战自大队反击。 美理在第6紧急电梯入口被枪击受伤。 美理对真治献出最后一吻，之后真治乘电梯到第7收容处。
约2分钟后，律子意图执行自爆系统，但失败。 2分钟后，贰号机大战EVA量产机。 美理被炸死亡，享年29岁。 律子被源渡枪杀身亡，享年31岁。
源渡意图令ADAM与LILITH融合。
贰号机击败EVA量产机，电源用尽，但被无故飞来的复制朗基奴斯之枪插中头部，明日香惨叫。 贰号机暴走，但再被9枝复制朗基奴斯之枪射中。 EVA量产机再起动，并将贰号机肢解。
初号机自行启动，欲真嗣乘坐其中。朗基奴斯之枪从大气层飞回初号机前。SEELE所谓的“仪式”开始进行。 EVA量产机在初号机身上刻上圣痕。 EVA量产机与初号机形成了Tree of Sephirot。 S^2机关解放，释放高能量爆炸，战自大队全灭。
地下都市回归真实面貌，LILITH之卵，黑之月。
18使徒出现。 零背叛源渡，自行和LILITH融合，源渡失去右手。
EVA量产机与零同化。真嗣心理图混乱。初号机与朗基奴斯之枪同化，形成生命之树。反AT力场增大，生物已无法保持形态。
补完计划最后阶段。 灵魂之屋开启，全人类形体化成LCL。 真嗣放弃补完计划，走出第十八使徒。最后，地球出现生命之海。只剩下真嗣和明日香存活于世。

第十七使徒被消灭后，NERV的工作似乎已经结束，各个部门的职员们正在祥和的气氛中谈论以后的去向。这时，NERV本部突然遭到了战略自卫队（后简称战自）的袭击。原来战自得到消息称NERV企图引发“第三次浩劫”，于是他们标榜着“保护全人类”的