请问能不能注册香港公司 然后在上海经营

在香港开个公司 再在上海开个代表处

是可以的。
最简单的方式：在香港注册一家公司，然后拿着相关资料到上海以后，再办一套营业地点在上海的分公司营业执照。
呵呵，外企港资类的分公司好像是免城建税的。每月只要交开出发票的营业税与印花税，当然还有工资的个税喽。呵呵

从国家法律角度上来讲这样是不合法的
你可以以香港公司的名义在上海设立一个代表处；或者是授权给国内的公司经营。