现在什么职位相当于清朝的九门提督

这个还真不好说，因为古代是军警不分的，而九门提督（提督九门步军巡捕五营统领）的职权包括正阳门、崇文门、宣武门、安定门、德胜门、东直门、西直门、朝阳门、阜成门内外的守卫和门禁、巡夜、救火、编查保甲、禁令、缉捕、断狱等，所以不能说“相当于”现在的什么什么。
一定要比较的话就大概是卫戍区司令员+北京市公安局长+消防总队长+法院院长了。

北京卫戍区司令吧。

北京警备区司令（战时可以指挥所有准军事单位）

北京市公安局长，市委常委

应该是北京市警察局长吧