签订协议但迟迟未签订合同，是否要交违约金？

1.那具体要看合同约定了。
但根据你的情况，三方协议后建立了劳动关系，虽然没有劳动合同，但应当视作“以实际行动履行了协议”并且单位没有提出异议，视作以默视的方式肯定了你没有违约的行为。所以，应该没有约束力，并且，3W的违约金过高，不应视为实际赔偿数额。
2.关于你不愿意签合同的情况,我认为是你不对的,可能你是不想被约束,也可能你是想根据劳动法获得双倍工资,但是要注意的是,这种情况下,单位有权利终止与你的劳动关系。如果这样也没有所谓的话，你可以不签。

根据最新的劳动法的规定，你上述所说的协议是不具备法律效力的，因此你是可以不支付违约金的，同时你还可以将签订合同到合同到期的工资、奖金及福利一起拿走。