我是部队三期士官正服现役已结婚,在南京买房房产证上可否注册我的名字

可以的
军人的士官证、军官证都可以在购买房产时当作身份证用，签定协议时在最后一页的证件名称上写上士官证，证件号码上写上士官证编号，然后产权过户时带上士官证原件就可以了。
至于你能否落户南京就要看1、你买的房子土地使用性质是不是住宅，不是住宅则不能落；2、你原来是不是南京本地人，如果是，那么随便买多大的房子都可以落户口；3、如果你原本不是本地人则你买的房子建筑面积要超过60平才可以落户口，60平方落3个户口，每增加20平米，可多落一个户口；4、如果你的房子不足60平米，但还想落户口，就得去所在地派出所找关系了。

没问题啊，为什么士官买房子不能署自己的名字？