作用力做的功和反作用力做的功其代数和一定为0吗

不一定，虽然两个力的大小一定，但是产生的位移不一定相等

举个例子，光滑地面上有一个长木板，木板上面有一个木块，给木块一个初速度。此时木板和木块之间相对滑动，一段时间后，在摩擦力作用下，2物体再次相对静止

这个过程中木块滑行了s1，木板滑行了s2，则
摩擦力对木块做负功 W1 = - f s1
摩擦力对木板做正功 W2 = + f s2

摩擦力对系统的总功 W1 + W2 = f(s2 - s1) = -fd
d是木块相对木板的位移

一对作用力和反作用力，对系统做功之和等于力乘相对位移，与参照系选择无关

摩擦力对系统一定做负功，这也就是摩擦生热的原因……

当然一对作用力和反作用力也有可能做正功，或者不做功

不一定
功由力与在力的方向上作用的距离决定