我想问一下：逾期未核销的核销单在出口收汇核销系统里怎么核销？

不知道你这个核销单是用过的还是没用过的，如果是没有用过的，就要注销或申请作废！
如果是用过的话按照下列程序
核销单交单报送：
1. 进入中国电子口岸，点击出口收汇，选择企业交单，输入核销单号，选择交单，报送到外管局， 退出界面。
2. 进入出口退税，选择数据报送，输入相应的报关单号，选择要报送的数据，报送到国税局。

3日后网上核销
1. 进入网上核销操作系统，提取数据。
2. 选择正在处理的业务，点击单笔报审或批次报审，新建业务，选择贸易方式（一般贸易）。
3. 选择要核销的核销单号，添加，同时添加与核销单号同等的金额，保存。
4. 进入待报审业务，选择核销单数据报送。
5. 进入已报审业务，预览打印两份出口收汇批次核销信息登记表。

1日后外管局核销
1. 一并带上核销单（一式三联），报关单出口收汇内核销联，外销发票，出口收汇批次核销信息登记表到外管局核销。
2. 核销完之后，撕下核销单退税联，进项发票（即增值税发票抵扣联），报关单出口退税联，外销发票，出口收汇核销信息登记表交财务做帐。

如果你没有在有效期内没有完成核销，就看你是否做过申请延期手续，否则就要按有关规定处罚了！