海关扣关补交税有凭证没？

一定会有凭证的，暂时扣留的会有暂扣单，罚没的有罚没通知书，且都需要给你书面说明原因。
按你所说的情况，现在很可能这批货物还在快递公司的仓库里，检验检疫要求提供相应的文件单证，办理检验检疫手续后方可放行，因此在此期间是没有凭证的，因为检验检疫根本没有把这批货物拿走。
你作为个人，大概无法提供检验检疫需要的文件单证，所以，这批货可能无法放行了。但是仍然可以退运，不过要花一些工夫去办。
你不能指望快递公司去替你办，因为对于他们来说，不放行，你就不会给他们支付相关的费用，在办事程序烦琐、最终结果不明确的情况下，替你办这些，很可能是徒劳的，所以不愿意去办。
所以建议你向快递公司索要你这批货的报检单，凭报检单直接与检验检疫交涉，说明情况，请求准予退运，一般是可以同意的。检验检疫批准退运以后，再向海关申请办理直接退运手续。
顺便说一句，这不是海关扣的，也不叫扣关。

像海关、商检这样的执法部门，如果扣留进出口货物肯定会有凭证的，
如果要补缴关税和增值税，肯定也会有税单的，税单一共有六联，其中有几联是给企业的！
所以一定要留心有些公司以海关名义骗取钱财，快递公司开的发票里面的内容完全超出了快递公司的经营范围，可以到工商、税务部门举报他们！