这两个句子哪个对？有什么区别？

都对。
1着重强调我们是一个公司，不是别的什么，并且规模比较小的。
2着重强调我们这个公司的规模是比较小的，意在公司规模。

2对.

因为如果把1缩句,就变成是"我们是公司",语意不对了.

第一句错，第二句对
1.“我们”是主语，“公司”是宾语，但我们不能是公司，故错误
2.这里公司是主语，我们是定语，比较小的是定语，省略了宾语，应该可以这样使用，故正确。