我公司是非法人分支机构，现与总公司发生矛盾，总公司不给年检的手续，这种情况怎么办？

如果你只是企业非法人，那么就无法行使法人的权力，也就是说，注销营业执照这种行为，必须通过有法人权力的单位，即你的总公司。所以总公司绝对有权力注销分公司的营业执照。
如果总公司要注销分公司的营业执照，一般来说只要股东同意就可以，无需征询分公司的意见，除非分公司的负责人是总公司的大股东，否则你也没有话语权。