真没想到，这件事（ ）是他做的。

我认为：果然、居然、竟然都可以，就看你怎么理解这句话。
1、真没想到，这件事（果然）是他做的。用“果然”两字是表示你原先只是怀疑，但是经过求证后发生这件事是他做的。
2、真没想到，这件事（居然）是他做的。用“居然”两字是表示你对这件事好奇心不重，也表示这件事他做就做了吧，也有点无所为的意思。
3、真没想到，这件事（竟然）是他做的。用“竟然”两字表示他做这件事太出乎你的意料了，让你心里没有准备。

都可以

居然、竟然都可以。

1、真没想到，这件事（居然）是他做的。用“居然”两字是表示你对这件事好奇心不重，也表示这件事他做就做了吧，也有点无所为的意思。
2、真没想到，这件事（竟然）是他做的。用“竟然”两字表示他做这件事太出乎你的意料了，让你心里没有准备。

除果然外

果然、居然、竟然都可以
1、真没想到，这件事（果然）是他做的。用“果然”两字是表示你原先只是怀疑，但是经过求证后发生这件事是他做的。
2、真没想到，这件事（居然）是他做的。用“居然”两字是表示你对这件事好奇心不重，也表示这件事他做就做了吧，也有点无所为的意思。
3、真没想到，这件事（竟然）是他做的。用“竟然”两字表示他做这件事太出乎你的意料了，让你心里没有准备。

居然