请问祖传食品的制作能否做为专利申请？

可以，是发明专利。
不过，你先要清楚：专利是以技术公开换取有限时间的垄断。你需要吗？值得吗？

配方专利

可以申请发明专利，应该是医药类中的食品、保健品部门审批你的申请。你最好是通过代理公司做申请，普通人很难处理相关的文件的。