二级域名的文件夹在哪里

二级域名是在主机那设置的，二级域名的目录不一定跟主域名的网页在一起。
二级域名也有可能被设置了URL转发，那就更不一定在哪了～有可能不在同一台服务器～
不知道你具体什么情况～去查一下主机的域名设置和域名的MyDNS设置吧～