为什么读过军校的人在部队可以直接做副级干部。而当兵的就那么难？

没有什么“副级干部”。
“干部”的最简单解释就是“官”，部队干部包括军官/武警警官、专业技术军/警官、文职干部；干部职务分为排职、连职、营职、团职、师职、军职、大区职，除了排职以外的其他职务都有正职和副职。
我估计你说的“副级干部”是指毕业后被授予中尉军衔、担任副连职干部（副连长或相同级别的干部）的部队院校本科学历学员。

当军官的途径无外乎三种：高考时直接报考部队院校；服兵役时报考部队院校；服役期间荣立个人二等功。
军官和士兵是有很大区别的，待遇不同、身份不同、连穿的制服都不同，造成这些“不同”的原因是他们的工作性质不同：士兵是战斗员、是用来冲锋陷阵直接杀敌的，而军官是指挥员、是用来指挥士兵作战的。
所以军官的军事才干必然要高于普通士兵，这种才干主要是通过在军校的学习和培训来获得的，而进入军校学习的前提是通过相关的文化、军事考试，并不是每个士兵都能考上，考不上也许就能证明没有这个潜质、也没有这个必要。
试想，让一个初中学历、业务平庸的士兵去考军校，他能考上吗？让他在不上军校的情况下直接当军官，他当得下来吗？
换个角度想想，大学毕业生可以参加公务员考试、可以找一份相对不错的工作，但是这些都和高中毕业生无缘——考不上大学的人一般有两种，一种是智商偏低、一种是不务正业，这样的人能干什么？当然也有不少人是因为其他原因而不能继续学习的，但是因为他们本身没上过大学，所以他们在理论知识方面会比本科生差一大截。
所以啊，没有什么不公平的，不具备当军官的条件就不能当军官，这再正常不过了。

最后一个问题
任何义务兵都不能通过任何考试直接当上司令。“司令员”是正师以上部队军事主官的统称，最低级别的司令员是正师职军官、比如军分区司令员。
军校学员毕业后是根据学历来提干授衔的，专科学历是排职少尉、本科是副连职中尉、硕士是正连职上尉、博士是副营职少校或专业技术正营职少校，不管哪种学历在授衔时都比正师职大校差得远。
在学校学的再好也只是理论上的知识，所以不可能让刚毕业的学生当太大的官，想当大官就得靠自己的实力往上爬、爬不上去就只有转业了。

没什么不公平的，读军校是系统的培养一个职业军人，无论是军事技能知识构成政治修养都比一个普通的士兵强