我想请问一下我能不能报考军事院校指挥专业

可以~~~

如果是报考陆军 这没有问题。但是如果报考的是空军或者海军（特别是潜艇兵），也许就有阻碍了。
空军主要是过载和气压方面的考虑，就是过载或气压差过大的话，伤疤可能会成为破裂的薄弱环节，潜艇兵是类似的道理。
不过，现在都兴关系，如果后台不够硬，可能这点不碍事的伤也会成为淘汰的借口，所以，要全面考虑啊
最后 祝你成功 戎马倥偬！

可以的。这个不影响录取的。