为什么当期期末留抵额大于当期免抵退税额时，当期应退税额为当期免抵退税额

因为免抵退税额是出口货物可退税的限额。当期期末留抵税额大于当期免抵退税额，多出来的部分可能是由本期进货大于本期销货造成的，与出口无关，故不能退税。
例：极端情况：期初应交增值税余额为0，当期出口为0，免抵退税额为0，当期销售10万元，销项税额1.7万元，当期购货20万元，进项税额3.4万元，1.7万元期末留抵数大于免抵退税的数字，不能申请退税。