我家巴西木发了6个芽发多了芽好吗会不会影响主干生长

没有关系，这证明其长势旺盛。
你可以在以后的养护时间内加强肥水管理，营养不缺乏可以发育良好的。
但注意切不可一次施用肥料太多，以少施勤施为原则。否则得不偿失了。

去侧芽，保留顶芽，可是主干保持顶端优势，防止生长势过旺