当党支部书记与主任产生矛盾时作为一名副职应当怎么做

无条件支持主任!
直接管你的人最重要！

分两种情况：
一、如果矛盾是一贯的，那么最好的办法就是“无为而治”，保持绝对的中立，同时，保持和双方都很良好的沟通，你心里可以支持一个人，但是行动上，你不要操之过急，谁胜谁负，尚未可知。
二、如果矛盾是偶发的，那就很简单了，解释清楚，就ok了。当然，政治斗争中，这种偶发矛盾，往往淹没于大的派系倾轧，都不用你去解释的。如果他们是一个派系，自己就消弭了，如果他们不是一个派系，新的矛盾总汇源源不断的产生……

三、当然，你介绍得太笼统，比如，你在这次斗争中，能起到以及愿起到什么作用？你和他们各自的渊源？你的职位具体是什么副职与矛盾产生有何关联？你的背景？你们单位的大环境？有什么派系？各自矛盾激烈程度？权力斗争有没有空白地带？等等，很多要素你都没有介绍到。

四、针对你说的这个最简单的基本情况，我还是要告诉你一个混迹政坛的至理：
首先：你起码要明白，你自己希望怎么做？
其次：你要明白，你能怎么做？（上面两点例如：你希望中立还是跟随一派……你你能为其中一派打击另外一派做什么？）
再次：你要明白，如果这么做出现的后果和责任，谁负？谁负得起？？如果负不起，自己的退路在哪里？
然后：如果胜利，自己能得到什么？值不值得？是否得不偿失？
以及：你所处的大环境如何，斗争双方各自背景如何？谁可能胜出？谁会输？输是失势还是彻底失败（有时候，只是肥缺部门和不肥缺部门之争，有时候，可能关系到你的脑袋还在不在你脖子上）？

五、以后想到再补充，或者你有疑问再问我吧。看样子你也是混迹政坛有一段时间，却依旧迷茫的羔羊，这种情况很危险。
将杨度的老师告诫杨度的一句话送给你吧，杨度师从一代鸿儒王闿运，王闿运告诉杨：“帝王之学虽是大学问，然自古以来树大招风、功高易谤，大德大善与大罪大恶，不过一纸之隔耳。入凌烟阁、上封侯榜的是他们，油烹刀锯，甚或毁家灭族的亦是他们，究竟不若功名之学的稳当、诗文之学的清高，你可要想清楚了！”说白了，就是学帝王之学，成则入凌烟阁，封侯拜相；败则身首异处、油烹刀锯！
你要从政，就要做好准备，一是看得透时势，或者能追随甚至创造时势之智；二就是耐得住寂寞能屈之志，三是准备