请大家看看我的情况，可以上什么层次的日本大学院（请行家指点）

关键是看机会，最好是越高级别的越好，因为你有工科的专业，托福也通过了，一般的大学都会愿意接受你。
二级作为日常交流没问题，但是如果听课，你可能需要适应一段时间。
日本有从大三开始插班的机制，也可以毕业直接申请研究生（大学院生）。
留学其实要比在当地考学容易的，标准比对待本国学生低，毕竟要考察的是外国人。
给你个建议，和你们学校日语系的老师联系联系，一般大学日语老师都和国外的学校有联系。让他给你推荐一下，会省事得多。

我觉得最合适的是大阪大学。。 大阪大学是理工科非常出色的大学了 而且你日语过二级就很好了 研究生就是个过渡阶段。。。 真正开始是院生阶段。。 可以英语授课 而且过了二级的话 去适应适应应该也能听懂的。。 最重要的是你是理工科 非常有优势 而且容易被接受 你可以自己联系教授 教授都会英文的。。自己联系省去好几万的中间费用 我花了三万啊 我是文科的 日语过了一级 才能申请普通的国立。。。 不过我快要去了 哈哈 祝你顺利吧 你应该很容易的被接受的 放心好了

看了你的条件，也就是外语特殊的好，别的课程并不怎么出色，应该是比较适合来日本的。托福100分以上啊，就是原来的600分以上啊（我才500分），申请欧美留学的条件已达到，日语你只要会日常会话就可以了，专业可以用英语交流。你应该到日本最高级别的大学院，比如东京大学，东京工业大学等，祝你成功！