UC知道高手帮我看一下我的初步引物设计有什么问题！！！急！！
来源：百度知道 编辑：UC知道 时间：2024/06/06 03:35:03
=CG1147=
5’- ACAGATGGTCGCTGACTGTGC-3’: 21bp, G+C=57.1 %, Tm=62
3’- GCACAGGAGATTAGCCCTTT-5’: 20bp, G+C=50.0 %, Tm=56
(5’-TTTCCCGATTAGAGGACACG-3’)
=CG6919=
5’- GTATCAGGGCCCTCGACTTTCG-3’: 22bp, G+C=59.1 %, Tm=66
3’- GATTTCGTTGTCGGTGTCG-5’: 19bp, G+C=52.63 %, Tm=54
(5’-GCTGTGGCTGTTGCTTTAG-3’)
=CG6989=
5’- AGAGCGCTACAAGCCAAAG -3’: 19bp, G+C=52.6 %, Tm=54
3’- GCTACACGTCCTCTAGGTCTAAC-5’: 23bp, G+C=52.2 %, Tm=66
(5’-CAATCTGGATCTCCTGCACATCG -3’)
=CG7078=
5’- ACGGAAGGAATATCGCAAC-3’: 21bp, G+C=50.0 %, Tm=62
3’- CTCACTTAGCAGCGTGTAC-5’: 19bp, G+C=52.6 %, Tm=54
(5’-CATGTGCGACGATTCACTC -3’)
=CG7485=
5’- TGCAACTCAAAGCGACAGACC-3’: 21bp, G+C=52.4 %, Tm=60
3’- CGTAGGGTTTGCTCTTATCG-5’: 20bp, G+C=50.0 %, Tm=56
(5’-GCTATTCTCGTTTGGGATGC-3’)
5’- ACAGATGGTCGCTGACTGTGC-3’: 21bp, G+C=57.1 %, Tm=62
3’- GCACAGGAGATTAGCCCTTT-5’: 20bp, G+C=50.0 %, Tm=56
(5’-TTTCCCGATTAGAGGACACG-3’)
=CG6919=
5’- GTATCAGGGCCCTCGACTTTCG-3’: 22bp, G+C=59.1 %, Tm=66
3’- GATTTCGTTGTCGGTGTCG-5’: 19bp, G+C=52.63 %, Tm=54
(5’-GCTGTGGCTGTTGCTTTAG-3’)
=CG6989=
5’- AGAGCGCTACAAGCCAAAG -3’: 19bp, G+C=52.6 %, Tm=54
3’- GCTACACGTCCTCTAGGTCTAAC-5’: 23bp, G+C=52.2 %, Tm=66
(5’-CAATCTGGATCTCCTGCACATCG -3’)
=CG7078=
5’- ACGGAAGGAATATCGCAAC-3’: 21bp, G+C=50.0 %, Tm=62
3’- CTCACTTAGCAGCGTGTAC-5’: 19bp, G+C=52.6 %, Tm=54
(5’-CATGTGCGACGATTCACTC -3’)
=CG7485=
5’- TGCAACTCAAAGCGACAGACC-3’: 21bp, G+C=52.4 %, Tm=60
3’- CGTAGGGTTTGCTCTTATCG-5’: 20bp, G+C=50.0 %, Tm=56
(5’-GCTATTCTCGTTTGGGATGC-3’)
你的这些引物看起来还可以。一般我看一对儿引物好不好，要看这几个方面，
一、退火温度差异大不大，一般1-5度之内的退火温度差异都可以忍受，当然越接近越好。这一点上，你的这几个引物都可以。
二、G+C含量，一般不要大于60%，不要小于40%。这一点上，你的这几个引物也都符合要求。
三、3'端的碱基组成。一般保证扩增的特异性，要求3'端的碱基以G，C为主较好，尤其是最后一个碱基，最好是G或C。这一点上，你的引物也不错。
所以，我觉得你的引物应该能用得比较好。
当然，我也见过一些软件会预测引物能不能形成二聚体，形成发卡结构，等等，但是这些因素对引物效率的影响不是很大，而且很多引物都或多或少会有二聚和形成发卡结构的情况，所以设计的时候其实不考虑也没什么问题。
根据我的经验，保证了我提到的3点，然后选择了合适的退火温度，PCR都会良好的运行的。如果PCR还是运行的不好，也应该考虑其他的因素，比如模板啦，延伸时间啦，等等