染色最深的结构是

核仁。
异染色质，即不活跃的染色质

这要看你用的是什么染料了，情况很复杂的。
碱性染料与呈酸性的细胞核有较大的亲和力，可作为细胞核、染色体及细胞壁（膜）的染色剂，如苏木精、洋红、番红、结晶紫、苯胺蓝等。酸性染料与细胞质有较大的亲和力，常见的有曙红、固绿、酸性品红等，常作为细胞质的染色剂。
以植物组织为例，常用番红—固绿对染法，番红将木质化结构及细胞核等染成红色，固绿将细胞壁、绿质体等染成绿色。而动物学及组织学常用苏木精—伊红对染法（常称HE染色法），苏木精将细胞核、细胞膜染成蓝色，伊红将细胞质染成红色。

细胞的观察 细胞核
没细胞结构的就不一定了

染色质.如果你是问细胞核内的结构

染色体,会被碱性染料例如龙胆紫或者醋酸洋红染成深色.

细胞核内染色体