请问检查院立案侦查的案子只要被交到起诉科的，就是一定有罪的！不予起诉是由哪个科室做决定的？

1、“检察院立案侦查的案子，只要被交到起诉科的就是一定有罪”的说法是错误的。
　　刑事案件侦查终结后移送室检察院审查起诉的，最多只能说明是涉嫌犯罪，但是否构成犯罪，应该由法院来判决。
　　如果法院审理后认为指控犯罪的证据不足的，仍会作出无罪判决。
　　2、不予起诉是由检察院而不是由检察院的哪个科室来作出决定。
　　对于移送审查起诉的刑事案件，具体由检察内部的公诉科负责经办，但如果审查后认为需要提起公诉或不起诉的，需要报请检察长或者检察委员会决定，之后仍应该以检察院的名义而不是公诉科的名义来作出决定。

1、“只要被交到起诉科的，就是一定有罪的”这样的说法太武断。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第十二条“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪”，被交到起诉科，只能表明检察院认为犯罪嫌疑人是有罪的。

不予起诉是是由检察院的审查起诉部门决定的。一般来说是检察院的公诉科；如果是省、直辖市人民检察院的话，就是公诉处；如果是最高人民检察院的话，就是公诉厅
《人民检察院刑事诉讼规则》第二百四十九条“人民检察院受理移送审查起诉案件，应当指定检察员或者经检察长批准代行检察员职务的助理检察员办理，也可以由检察长办理。”
《中华人民共和国人民检察院组织法》第二十条“最高人民检察院根据需要，设立若干检察厅和其他业务机构。地方各级人民检察院可以分别设立相应的检察处、科和其他业务机构。”

《中华人民共和国人民检察院组织法》第二百六十一条“办案人员对案件进行审查后，应当制作案件审查意见书，提出起诉或者不起诉以及是否需要提起附带民事诉讼的意见，经审查起诉部门负责人审核，报请检察长或者检察委员会决定。”所以说，也不是审查起诉部门说了算。

检委会讨论决定。