电脑跑出来几个病毒，杀掉了；然后出来窗口说Windows下系统文件被不可识别文件代替，让立即还原

没关系，这是由于病毒感染了你的某个系统文件，杀软将它们删除后，系统自动将备份系统文件恢复了。。。

你的是XP吧，找张系统盘，最好是修复被破坏的文件。
虽然没感觉不正常，但有可能已经是漏洞了，以免日后有问题。