这区别是什么？

土曜日と日曜日は休みです:礼拜六礼拜天是休息日。
土曜日と日曜日は休みます：礼拜六礼拜天休息。

读一下中文的句子 也许你就能体会出来了。

土曜日と日曜日は休みです

这里的"休み"作名词,意思相当于"休日", "休暇"

第一句省略了“の日”。土曜日と日曜日は休みの日です。
和第二句一个意思

主语是自己的话可以用“土曜日と日曜日はやすみます。”

这里估计是说“周六周日休息”这个规则或者主语是场馆之类的。

意思上やすみです的话有种规定的感觉
やすみます的话有种自己想要休息
很细微的区别，基本上没什么大区别
从语法上来说，上句的やすみ是名词
下句的やすみ是动词
以上