请问应届毕业生往深圳调档案和户口必须要在协议书上面盖人才市场的章吗？

必须你们单位拥有入户指标，否则白搭。
如有指标，由你们单位向市人才交流中心提出接受你，市人才交流中心向你们学校调档，档案到深后，市人事局审批通过开出接收函，持接收函到现在户口所在派出所迁出户口，然后到市人才交流中心所属派出所办理入户即可。

应该要盖人才市场的章才行的。