自家院子盖顶是否是违章呢?

应该是违建。对于违建的判断，主要是和自己自家的房屋规划图比较，一切以规划图为准。按照规划图的登载，你家的院子就是院子的空地，周围的围墙属于构筑物。如果你把围墙封顶，就是更改了原先设计的要求，变成房屋，就是建筑物了。违建的发生，按照相关法律法规的规定，需要立即拆除。至于管理者，有可能是物管（根据物管合同），也有可能是政府部门。
但是，目前社会上违建铺天盖地，为什么有关部门会来查你们家呢？其实很简单，就是你们家被举报了。对于相关部门，他们的人力物力总是很有限的，不可能天天巡查找为违建拆；他们拆除的通常是被举报的、影响了特殊的建筑、特殊的地方的等等。
解决这个事情的办法简单，一是了解清楚被查处的原因。如果被举报，就和举报人谈谈。希望和气生财。如果影响了特殊地方等特殊原因，那么违建通常保不住。
具体情况，具体分析。可以发信息来讨论。