同是通史，为什么会出现这种差别呢？

其实自古以来对农民起义的评价就毁谤者偏多。
当然你可以说著史者都是为统治阶级服务。但农民起义对社会经济的破坏作用是无可回避的。
对农民起义反抗压迫积极意义的发掘应该是近代以后的事，特别是所谓唯物史观，对这种积极性推崇备至。
其实我到比较质疑，早起农民起义的结果往往是建立另一个封建王朝，其积极性从何谈起？
不过说到李自成起义，因为其涉及废除封建地主土地所有制，有另当别论。
扯远了...差异产生的原因得从作者找起，钱穆先生自小接受私塾教育，人称中国最后的士大夫，作为国学大师的他自然受传统史观影响根深蒂固，《国史大纲》成书于建国以前，不会受唯物史观的强制影响。（事实上钱先生后来去了台湾）相反张传玺先生作为享受国务院特殊精贴的专家，必然是坚定的历史唯物主义者。史观不同，差异由此产生。

因为不同的人，对于历史会有不同看法。钱穆比较赞同正统历史，所以他认为张献忠，李自成那些人只是草寇而已，无上进。
而张传玺的史观是上进的，他认为只要是对当时社会有积极意义就可以，李自成他们不满当世，起义，遂被张传玺称赞。

仁者见仁智者见智。

历史的真相没那么简单。

史书本来就是为当时的统治者服务的，仁者见仁智者见智

占得历史角度不同.历史无非是一朝换一朝,从朝代由强盛走向衰落,到了末期,多是农民起义占据重要历史舞台.所以对于一盛事朝代的晚期,农民作乱自然要破坏之前的翻弄,造成经济和生产力的一系列下滑.但从整个历史来看,那些人无疑是英雄,是进步的.譬如还有曹操.

从不同的方面看问题罢了.黄巢，张献忠，李自成等发动的农民起义既有推翻旧的封建王朝,解救农民于水深火热之中的进步的一面;又有引起战乱,破坏生产,破坏传统文化,引发社会动乱的消极一面.