室町幕府大将军为什么先是源氏，后来姓北条了

首先纠正一下，室町幕府是在日本南北朝之后由足利氏建立的。
你所讲的源氏与北条氏是平安朝时的镰仓幕府。

镰仓幕府（1192年—1333年），虽然是源氏创建的，但源氏只当两代三位将军！
原因是源赖朝的妻子北条氏一族权力扩张。源赖朝的儿子源赖家、源实朝相继去世后源氏已经没有血缘上继承者。所以北条氏就扶植了藤原赖经（源赖朝的外孙，九条氏）和藤原赖嗣父子，作为北条氏统治天下的傀儡。
直到北条时赖废掉藤原赖嗣迎立宗尊亲王为镰仓将军，北条氏成以“执权”之名成为镰仓幕府的实际统治者，从此以后北条氏世代握有实权，不论天皇还是幕府将军都是傀儡而已。

楼主打错了吧,应该是镰仓幕府吧,室町幕府是在足利尊氏灭亡北条氏后建立的,镰仓幕府是在源平合战后由源赖朝建立的,而源赖朝建立幕府正是靠岳父北条时政,而源赖朝死后长子源赖家即位,此时北条氏确立合议制的幕政来限制赖家,赖家因借妻族比企氏对抗北条氏失败,被流放后暗杀,由赖朝次子实朝即将军位,但大权已在北条氏手中,后实朝被兄长源赖家之子源公晓所弑,源家无后,自此实权完全落入北条家之手.

因继承权问题爆发了应仁之乱