在基因预测的网站中

http://www.bioon.com/trends/news/353640.shtml
过去五十年里，单个基因、蛋白质的研究构成了我们现在所认识的发育过程的基础。但是，当前扩大的高通量筛选和积聚的基因表达，以及遍布的蛋白质相互作用数据库，都似乎在暗示我们这种单个基因、蛋白质的研究不会走太远了。现在，Kristin Gunsalus和同事给在早期发育中起作用的分子机器预测了系统模型，数据的来源主要有转录组（Transcriptome）、相互作用组（Interactome）和表型数据库。

但究竟什么样的合适系统可以发展出这样的预测性模型来，又该如何去客观评价它们？线虫为高通量研究铺平了道路，因为在早期胚胎发育（embryogenesis）过程中，如细胞的分裂、极性形成，都可以为大范围的功能分析提供依据。作者制作了一些网络图，图中的结点代表早期胚胎发育中起作用的基因和它的表达产物，之间的连线代表基因间潜在的功能联系；这些联结建立的基础是3848个线虫蛋白及其6572对相互关系，以及众多的表达谱和表型相似度。

作者使用了一种算法，在这个网络中发现了一个相互作用密集的区域。该区域由305个结点构成，并由1036个连线联结而成（每个联结都有两至三个功能证据支持）。据此算法，作者还建立了两套模型，分析在早期胚胎发育中所起作用的高水平网络框架。第一套模型包含了由基因相互作用和表型相关性所支持的联结，描绘了参与细胞内独特分子机器（如核糖体，蛋白酶体/proteasome，促分裂后期复合物/anaphase promoting complex）生理功能的分子网络结构。另一套模型包含了较少的蛋白质相互作用，但其中起主导作用的是由表型和表达相关性共同支持的联结；典型的例子是在mRNA和蛋白质代谢，染色体维持，减数分裂中起作用的基因。

为评价这些模型的预测价值有多高，作者选择了十个之前科学家们尚未描述的基因，通过使用绿色荧光蛋白标记蛋白来观察它们在体内