国家各部能不能代表政府

是的
他们可以在他们所管辖的某一方面代表政府

可以，他们是说得话就代表政府所说，要负责任

首先：政府各部门是政府政策的具体执行单位，代表政府实施政策方针，执行具体分配的职能！
其次：如果对政府的某个部门的工作提出质疑，可以理解成质疑政府的不作为。因为部门是政府的代言人！
最后：希望你的事情可以圆满解决！