what are you going to do now

这里be动词是are
疑问句be动词提前
正常语序是you are going to do what
因为是what引导的疑问句
所以be动词提前了
you还是主语

你现在在做什么（现在进行时）
be going to do 是将来要做什么而现在没做

是be going to.
be是前面的are,不是you
如果是he,句子是what is he going to do?

be going to 在陈述句中是在主语后面
you 是主语，这是疑问句，be 动词是are 前置