我刚办了E驾驶证可又正在办C1驾驶证而且已经考了科目一请问这样能出证吗？

你应该把E本档案提出来，交到驾校，将来考试完科目二、三以后，就把E和C1本合并了，否则C1本不能发给你。现在规定一个人只能拥有一本驾照，驾照的准驾车型可以多种！

当然能，它们不矛盾的，你的E证的驾龄会加入新的驾驶证中，并且只发一个证，上面写有E,C1两个标志。C1的驾驶证不能驾驶E（二轮摩托车）的。