看过新世纪福音战士剧场版的进来

零号机一开始就是黄颜色的，蓝色是后来上漆过的颜色，丽驾驶过的一开始就是黄色的，第5话开头很明显地说明白了
那些零号机的残骸是过去研制EVA时的实验品，都是研究失败的废弃物

零号机一开始都是黄色的
蓝色的那架是在发生零号机暴走事件之后重新修改过的（就是凌波的微笑那段）
至于那些残骸都是试作品，貌似是没有灵魂的机体，所以都是失败品
而蓝色那架机体里面被放入了丽丽丝的灵魂

没错那都是一开始实验时的一号使徒的失败复制品。