我是08年毕业的硕士研究生，学校的三方协议签约到北京一家单位，

既然没签任何关于违约金的合同那就应该不用赔钱的。再说你只是试用期员工，属于实习的吧，还有你的各种东西都在自己只手，那就不能证明那个单位雇佣了你。这样来说你是自由的。他要帮你办户口只是想留住你的一种手段，你拒绝当然也是正常的。