为什么用by it 是错误的?

这里的我们和它不是一致的...
如果"它"表示 "我们(的共同努力)"那就应该用by ..比如:by our efforts.

而你句子中的"它"是个单数,与前后不一致...翻译起来..也可以为"和...一起"....就是我们在它的帮助下学习,说明它也参与了我们的学习,.所以用"with"

希望有帮助...

貌似 太抽象～

with 表伴随的状态
何况with符合英语惯用法