女方的户口没有迁到男方家庭,这样会影响办理<准生证>吗?

不会

不会，我跟老婆结婚6年了，还没迁呢，儿子5岁了

一般不会有问题。只要有合法的结婚证，和双方单位出具的证明即可，到时候带双方户口、身份证到男方当地计生部门申办即可（街道或乡镇一级就行）。
祝你们早得贵子，并最终赢得父母的理解。