有澳洲永久居留权但没入澳籍，在国内工作生活，最近去换发护照时被要求取消户籍，合理吗？

没办法，中国不承认双国籍，你有澳洲永久居留权就代表你被其他国家接纳了，只是手续没办而已，这样的情况中国政府就不再正式承认你为中华人民共和国公民，你现在的合法权在澳洲，所以出入境告诉你去澳洲换。
不过你要在中国犯法那就不幸了，因为手续没办，所以澳洲不承认你为正式公民，你没有外交的帮助。
澳洲？这范围太广了，澳洲有好多国家，你难到有数个永久居住权？