“运费发票”上的金额（M）是含税还是不含税？

根据税法有关规定,运费的扣除率不同于一般购进货物进项税额。
支付运费 进项税额=运费发票金额*扣除率（7%）
也就是上面你说的税务局的做法，当然是正确的了。（运费扣除情况比较特殊，不存在发票金额是否含税的问题）
会计上的分录是按照借贷平衡原则来处理的，它是按照你实际发生的营业费用（运费发票金额-可抵扣金额）来计入当期损益，并不互相矛盾。

另外，企业购进免税农产品时也是上述类似的计算方法：
进项税额=买价*扣除率（13%）

现行税法规定确实有很多与会计处理方法不一致的地方，这种情况在你计算企业所得税时会有更多的体会（比如，按照会计谨慎性原则计提的各项资产减值准备，税法就不允许计提，诸如此类的情况太多），那就要对会计报表上的利润按照税法规定做纳税调整了。

建议有时间多学点税法，你就不会再产生上述疑问了。

税务局是直接M*0.07，那M就是不含税了，会计上是
借：运输费M*（1-0.07）；
应交增值税-进项 M*0.07；
贷：现金 M
不矛盾，税法上只允许扣除费用的7％。

是含税的运费。

含税的。