村民主任可以不经过移民同意就领取移民补偿款吗

当然不可以
法律条文是物权法
这两万元是六人份的，也就是按照一定比例由6人分配，主任也只能拿走其个人部分，除非是征得其他5人同意代领。
现在，你们可以找到他，协商要求其归还你们应得的部分，也可以找人来调节，这是最好的。
若对方不肯归还，你们可以向上级行政主管部门投诉，检举，也可以向县一级人民法院提起诉讼。