后三空的解析

这个是词语搭配的问题，
第一个with没有问题，
第二个应该用of表示从属关系，比如book of mine；而楼主想选from是不是从中文的角度想的？来自同学的帮助。学英语切忌用中文的套路去想。
第三个这是个固定搭配，make progress in…，表示在某方面取得进步。英语有很多固定搭配，不一定有什么规律，需要记忆
第四个是词语的表意不同，besides表示除了这个还有，如果此题中用这个，翻译成中文就是说除了物理（楼主拼错词了吧？）还有所有的科目，显然不对。except是指除了这个以外的，此题意思是除了物理以外的其他科目，用except。

with the help of 是固定短语，所以排除了B

首先，一般是make progress in sth.而且这句话的意思是除了物理，其他所有科目都取得了进步，物理没进步。若是besides,则是除了物理，其他所有科目也取得了进步，物理也进步了。

第二个空with the help of sb.,固定用法，在某人的帮助下；
make progress in sth.是在某件事上有进步的意思，固定用法。
第三个空前面已经有all了，再用besides意思重复。如果是besides前面应该用all the other subjects.

help of sb是习惯搭配,在这里并不需要强调"来自",学多点就体会到了

in和on的区别也在此

except表示前后两者属于相反的,比如they all came except Lily.表示除了莉莉没来别人都来了.
besides表示前后两者是相同性质的,比如they all came besides Lily.表示大家偶读来了,莉莉也是.
不要只记得两者都表示"除了",汉语的双关意义也比较多,有时候用英语解释英语也是必要的,当然,最简单方法还是记些简单例句和翻译.