万籁此俱寂，但余钟磬音。是否矛盾

没有矛盾，它其实是用了一种修辞手法——舛互。所谓“舛互”，是指对某一事物先全部肯定，然后部分否定，或者先全部否定，然后部分肯定，利用字面矛盾，达到突出强调作用的一种辞格。当然，这样写的好处就是衬托出了安静，如楼上言

不矛盾
以声衬静，更显示出周围环境的安静

和“蝉噪林愈静，鸟鸣山更幽”
是一样的道理
钟声反而衬托出安静

万籁此俱寂，但余钟磬音
不矛盾，但要这样理解：万籁泛指生物，而钟不在万籁之列，因此可以理解

一切都没有了声音，只有美妙的钟声还在想起，不矛盾，是为了衬托钟声

不矛盾，这是以动写静。