“一本/二本/三本 院校”用日语怎么说？

日语中没有这种分法。
日本的大学分为国立，公立，和私立几种。一般是国立大学比较有名，但也不是绝对的。

按照名气来分的话，日语说：
[一流 いちりゅう itiryuu]
[二流 にりゅう niryuu]
[三流 さんりゅう sannryuu]
这种说法和你的提问比较相近。

一本: いっぽん

二本：にほん

三本：さんぼん

院校：日语里没有这个单词。