我是2006年毕业的,户口挂靠在江苏省高校就业指导中心的,j是不是两年后就要打回原籍?

一点都没错！

不一定，当时毕业前学校会让你填表，给你发派遣证和户籍卡，一般默认是两年内如果找不到能接受档案和户口的工作单位（只有国有企业、政府行政、事业单位），就打回原籍，即落到你上大学前户口所在县、区级的人事局下属的人才交流中心的集体户，每年交一定的托管费（200元左右），人事档案是随着户口走的。
但是私营企业和非公有制单位没有落户口的权利，连托管的权利都没有，有些企业招聘学生时承诺落当地户口，但那也是以企业的名义将员工的档案和户口托管在当地政府的人事局和公安局集体户上。
就是说如果你觉得以后很难找到正式的单位，你最好把户口落到你家里，这样还能省些托管费用。