档案户口分离怎么办

没关系的，人家单位管你什么户口呢。你签了协议那还要把协议书第二联交给学校就业指导办他们好给你开报到证和户口迁移证，然后你的档案学校会给你寄到单位或者单位的人事主管单位，户口你拿着迁移证去落户，报到证你拿着去上面写的地点报到，就这么简单。学校暑假一般都留人值班的，你去看看。祝你好运。