目的基因与质粒结合发生在哪里？

生物体外啊。
1.“基因工程”的定义：
在生物体外，通过对DNA分子进行人工“剪切”和“拼接”，对生物的基因进行改造和重新组合，然后导入受体细胞进行无性繁殖，使重组基因在受体细胞内表达，产生出人类所需要的基因产物。
高三用的生物课本（人教版 生物（选修）全一册）的P49。基因工程的定义里提到。

2.还有！！！最直接的答案！
P52 倒数第二行开始：目的基因的片段与运载体在生物体外连接形成重组DNA分子后……

质粒是运载体中最常用的一种。