报到证上的公司盖章可不可以和就业协议书上的章不一样啊?

这个证只要能代表你所从业的公司就行了.一般下属公司有时会用总公司的章,这是没事的.
但如果这个章不能代表你所在的公司的话,那是万万不能的.

如果是总公司和分公司的公章区别就没有关系，因为他们有隶属关系，如果两个公章之间没有隶属关系，应当以报到证（派遣证）为准